Program Doktor Muda merupakan satu program baharu yang diperkenalkan oleh Jabatan Pendidikan Negeri dan Jabatan Pendidikan Kesihatan Negeri Selangor. Pada tahun 2005, S.K Puchong Utama 2 telah terpilih dari 5 buah sekolah di Daerah Petaling untuk menubuhkan Program Doktor Muda di bawah kelolaan Unit Hal Ehwal Murid.
Dalam tahun itu, seramai 10 orang murid telah terpilih dalam kalangan murid tahun 4 dan keahlian bertambah dari masa ke semasa. Pada tahun 2007, Kelab Doktor Muda telah ditubuhkan di bawah Unit Kokurikulum dan aktiviti Program Doktor Muda telah dijalankan di bawah Kelab Doktor Muda. Bilangan murid pada tahun ini seramai 44 orang yang meliputi murid Tahun 4 hingga Tahun 6 dan mempunyai 6 orang guru penasihat.